비영리법인의 토지 양도소득에 대한 과세대상 여부 등

비영리법인이 토지를 양도하면서 그 토지의 양도금액과 양도 당시의 장부가액이 동일하여 양도차익이 발생하지 않는 경우에는 「법인세법」 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 제55조의2에 해당하는 법인세 과세소득에 해당하지 않는 것임

[회신] 귀 서면질의와 같이 비영리법인이 토지를 양도하면서 그 토지의 양도금액과 양도 당시의 장부가액이 동일하여 양도차익이 발생하지 않는 경우에는 ｢법인세법｣ 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 제55조의2에 해당하는 법인세 과세소득에 해당하지 않는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의법인의 00에 소재한 교회는 시설의 노후화(19년차) 등으로 불가 피하게 이사를 할 예정으로 아래 토지를 양도 예정 - (①토지) 건물(80평)이 정착되어 있는 당초부터 보유한 토지 - (②토지) 2015년 9월 교회 앞에 도로가 나면서 보상받은 보상금을 재원으로 교회가 정착되어 있는 토지 옆에 소재한 토지를 매입 ○ 상기 ②토지는 양도차익이 없을 것으로 예상 2. 질의내용 ○ 양도차익이 없는 아래 ②토지에 대한 법인세 과세 여부 3. 관련 법령 ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령 으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 ○ 법인세법 부칙 <제5581호, 1998.12.28.> 제8조 (수익사업소득계산에 관한 특례) ② 제3조제2항제5호의 개정규정 을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. <개정 2005.12.31> ○ 법인세법 부칙 <제7838호, 2005.12.31.> 제21조 (수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례) 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다. ○ 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세 표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가 하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 1～3. (생략) ②～⑤ (생략) ⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 와 같은 법 제61조제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다. ○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 ○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ발급 등】 ④ 부동산을 매각하는 경우 등 계산서등을 발급하는 것이 적합하지 아니하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항부터 제3항 까지의 규정을 적용하지 아니한다.